Het FLDO werkt onder een kwaliteitssysteem dat voldoet aan NEN-EN-ISO/IEC 17025 en is sinds 1994 voor een aantal verrichtingen geaccrediteerd. Dit betekent dat alle werkzaamheden, genoemd op de scope, uitgevoerd worden volgens deze norm. De geaccrediteerde verrichtingen zijn terug te vinden op de website van de Raad voor Accreditatie (RvA) onder accreditatienummer RvA TESTEN L198.

Het laboratorium verbetert voortdurend de doeltreffendheid van het kwaliteitssysteem.
Dit wordt gedaan door een regelmatige beoordeling van het kwaliteitssysteem en terugkoppeling. In het geval onvolkomenheden geconstateerd worden, worden, waar mogelijk, corrigerende maatregelen genomen om het systeem te verbeteren.

Alle medewerkers van het FLDO hebben een geheimhoudingsverklaring ondertekend en verklaard dat onderzoeksgegevens vertrouwelijk worden behandeld.

De DNA-deskundige staat geregistreerd in het NRGD.